基层创新体系建设对完善国家创新体系和区域创新体系、推动县域经济社会持续健康发展意义重大。本文对基层创新体系的特征、结构和运行机制进行了理论分析，并在实地调研基础上，对我国不同地区基层创新体系建设情况进行了实证分析，最后提出相关政策建议供政府决策部门参考。